Shintô Musô Ryû blev grundlagt for omkring 400 år siden, ca. år 1605. Grundlæggeren, Musô Gonnosuke Katsukichi, var en kriger som først trænede Tenshin Shôden Katori Shintô Ryû, som var grundlagt af Lizasa Choisai Lenao. Her modtog Musô Gonnosuke titlen Menkyo (lov til at undervise).

Ifølge legenden havde Musô Gonnosuke begivet sig til Edo tidligt i Keichô perioden (1596-1614). I denne tid forsøgte mange berømte/berygtede krigere at overvinde ham, men han forblev ubesejret. En dag kæmpede han mod Miyamoto Musashi, nok den mest berømte kriger i Japansk historie. Gonnosuke vidste, at han havde mødt sin ligemand da han erfarede, at han ikke kunne undslippe fra Musashis Jujidome teknik. Denne bevægelse var hemmeligheden bag Musashis Niten Ichi Ryû og involverer låsning af modstanderens våben i en X-formet blok ved hjælp af samuraiens lange og korte sværd i kombination.

Fordi han var besejret rejste Gonnosuke rundt i landet og studerede mange forskellige kampkunster ; han var fast besluttet på at blive stærk nok til at kunne besejre Musashis Jujidome. Efter adskillige år ankom han til provinsen Chikuzen på øen Kyushu og standsede i en by, som nu hedder Dazaifu og ligger i Fukuoka. Her begrænsede han sig selv i 37 dage ved Kamado alteret/helgensgrav.

En nat drømte han en drøm hvor en guddommelig budbringer med et barns skikkelse sagde til ham “kend solarplexus med en rund pind”. Med denne himmelsendte besked i baghovedet skabte Gonnosuke et nyt våben. Det var en simpel pind, omkring 30 centimeter længere end det almindelige japanske sværd. Musôs pind var 128 centimeter lang og 26 mm i diameter. Dette våben kaldes i dag en Jô.

Gonnosuke fortsatte og udviklede teknikker til staven baseret på sin tidligere erfaring med ældre våben. Han indarbejdede bevægelser fra spyddet (Yari eller Sôjutsu), de fejende bevægelser fra hellebarden (Naginata eller Naginatajutsu), de vilde bevægelser fra staven (Bô eller Bôjutsu) og sværdet (Tachi eller Kenjutsu). Med dette nye våben og dets teknikker blev kunsten Jôjutsu født.

Legenden siger, at Gonnosuke rejste tilbage for at konfrontere Musashi igen og sejrede. Her overkom han Jujidome og det siges, at han var den eneste der besejrede den legendariske Musashi. Musô Gonnosukes voksende omdømme bragte ham opmærksomhed fra Kuroda klanen i Fukuoka og han blev ansat til at instruere klanens krigere i Jôjutsu.

Gennem Gonnosukes levetid tildelte han undervisningslicenser til mere end ti af disse krigere. Disse krigere og deres efterfølgere fortsatte traditionen inden for Kuroda klanen, der nidkært holdt på og gemte kampkunstens hemmeligheder som en klan tradition.